Il y a cinq ans de cela, le Gouvernement des États-Unis annonçait la découverte d'un « traitement » contre la Mutation. Nombreux furent les Mutants à s'y opposer. Magneto, dirigeant de la Confrérie des Mauvais Mutants, rassembla ses Frères pour s'opposer au Gouvernement. Jean Grey, devenue le Phénix, « s'allia » à lui. De leur côté, les X-Men, nouvellement dirigés par Tornade et Wolverine depuis la mort du Professeur Xavier, s'opposèrent à la Confrérie et tentèrent de protéger l'Humanité de la folie de Magneto.

La Prison d'Alcatraz fut alors le théâtre d'un affrontement entre les X-Men, la Confrérie et des militaires. Au cours de cette bataille, de nombreux Mutants reçurent l'antidote de force. Magneto fut l'un d'entre eux. Le Phénix sema la désolation avant d'être détruit par Wolverine. Les pertes furent lourdes pour tous...

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Nous sommes maintenant en 2012. La paix qui s'était installée après la bataille d'Alcatraz n'est vraiment plus à l'ordre du jour et ne semble plus pouvoir être retrouvée. L'antidote s'est révélé être un échec cuisant. Les Mutants l'ayant pris ont retrouvé leurs pouvoirs et ceux l'ayant reçu de force sont bien décidés à se venger. Mais si seulement c'était la seule menace...

Il y a peu, non content de pouvoir régner sur le royaume d'Asgard, Loki décida d'envahir la Terre avec l'aide des Chitauris, des aliens particulièrement belliqueux, en ouvrant un portail sur cette planète grâce à la puissance du Cube cosmique. Dans le but de mettre un terme à ses plans, Nick Fury, le chef du SHIELD, réactiva le projet Initiative Avengers, une équipe composée de Supers-Héros devant unir les forces afin de protéger la Terre. Malheureusement, les Avengers arrivèrent trop tard pour empêcher l'ouverture du portail et l'invasion des Chitauris.

Les rues de New-York devinrent le théâtre d'un combat titanesque. Chaque Super-Héros parvint à repousser les vagues de Chitauris mais ceux-ci sont trop nombreux. Dans un mouvement de panique, les autorités du SHIELD décidèrent d'atomiser l'île de Manhattan pour éradiquer la menace. Iron Man intercepta de justesse le missile, le guida jusqu'au travers du portail dans l'espace et détruisit le vaisseau-mère des Chitauris. La Veuve Noire referma le portail aussitôt. La Terre était sauvée. Les Avengers partirent chacun de leur côté prendre un repos bien mérité.

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Il y a cinq ans, les Supers-Héros avaient choisit de ne pas se mêler de la guerre opposant les Mutants aux Humains. Aujourd'hui, peu de temps après l'invasion des Chitauris, ils ne peuvent plus fermer les yeux. Magneto ayant récupéré l'usage de ses pouvoirs, la Confrérie a repris du service et compte de nouvelles recrues parmi ses rangs. Les attentats se font de plus en plus nombreux. Le S.H.I.E.L.D. n'ayant pas été épargné par ces attentats, Fury fit de nouveau appel aux Avengers.

Iron Man et Captain America reprirent la tête de l'équipe afin de pouvoir continuer de protéger les Humains. Ils furent rejoint par d'autres Supers-Héros, formant ainsi les Nouveaux Avengers. Les Humains réclamèrent de nouveau le fichage de tous les Mutants sans exception qui sont de plus en plus considérés comme dangereux. Comme des monstres. Certains Humains commencent même sérieusement à perdre la confiance qu'ils avaient dans les Supers-Héros. Pourquoi ne sont-ils pas intervenus plus tôt? Qui dit qu'ils continueront à les protéger comme ils l'ont déjà fait et qu'ils ne prendront pas le parti des Mutants?

New-York est plongée dans un climat des plus hostiles. Ceux qui n'ont pas encore choisit de camp devront en choisir un tôt ou tard. Les Mutants finiront-ils par être acceptés? Les Supers-Héros regagneront-ils la confiance des citoyens? Une nouvelle guerre s'annonce, encore plus violente que la précédente...